O Curso de Mestrado em Matemática será leccionado em regime presencial, na língua portuguesa ou inglesa, por docentes nacionais e estrangeiros. A estrutura do presente curso corresponde a de um mestrado académico com duração de dois anos. O 1º ano destina-se à leccionação de diferentes módulos e o 2º ano é dedicado à preparação e defesa pública da dissertação.

O curso possui módulos obrigatórios e opcionais. As disciplinas de opção servem para conferir ao estudante a oportunidade de adquirir conhecimentos gerais ou específicos de uma certa área de interesse. Actualmente, as disciplinas de opção a serem oferecidas pelos Departamento de Matemática e Informática são Matemática Financeira, Biologia Matemática ou Dinâmica Populacional, Combinatórias, e mais.