Os Departamentos de Gestão Académica da FC são unidades orgânicas internas de gestão técnica e apoio à função académica. Estes garantem o suporte das actividades académicas, de investigação, de extensão e administrativas. Estes, por sua vez, integram várias repartições e secções.

Actualmente a Faculdade de Ciências possui três (3) Departamentos desta natureza:

• O Departamento de Qualidade Académica - DeQA
• O Departamento de Registo Académico - DeRA
• Departamento de Tecnologias de Informação e Comunicação