Os Departamentos de Apoio Administrativo da FC são unidades orgânicas internas de apoio administrativo à função académica. Dentre estas: gestão de recursos humanos, de finanças, de património, aprovisionamento e expediente. Estes, por sua vez, integram várias secções e repartições.

Actualmente a Faculdade de Ciências possui dois (2) Departamentos desta natureza:

• Departamento de Administração
• Departamento Financeiro