O Departamento Financeiro é a unidade orgânica interna da FC responsável pela gestão dos recursos financeiros da Faculdade. O Departamento Financeiro estrutura-se em Repartição de Finanças e Secções.

A Repartição de Finanças integra as secções seguintes:

1. Secção da Contabilidade; e
2. Secção da Tesouraria;

O Departamento Financeiro integra secções autónomas, designadamente:

1. Secção de Receitas Próprias; e
2. Secção de Assistência a Projectos.

São funções do Departamento Financeiro, as seguintes:

1. gestão financeira da FC;
2. proposta de planos anuais de orçamento da FC;
3. proposta de execução dos planos anuais de orçamento da FC;
4. proposta de aprovação e autorização de despesas, com base nos manuais de procedimentos estabelecidos;
5. proposta de contratos de fornecimento de bens e serviços e empreitada de obras públicas, nos limites da lei;
6. elaboração de propostas de contratos de utilização das instalações da FC;
7. representação da Faculdade junto das empresas nos processos de aquisição e pagamentos;
8. preparação de balancetes referentes ao Orçamento do Estado (OE) e receitas próprias;
9. cumprir e fazer cumprir a regulamentação estabelecida pelo Regulamento de Gestão de Receitas Próprias das Instituições Públicas do Ensino Superior; e
10. outras que forem estabelecidas em normas ou, por órgão competente.