O Departamento de Administração da FC é a unidade orgânica interna da FC, responsável pela gestão administrativa, pessoal e patrimonial da FC. O Departamento de Administração da Faculdade estrutura-se em:

1. Repartição dos Recursos Humanos;
2. Repartição de Manutenção;
3. Secção de Património e Aprovisionamento; e
4. Secretaria.

São funções do Departamento de Administração, as seguintes:

1. gestão administrativa, do pessoal e do património afecto à FC;
2. elaboração de propostas anuais do plano de aprovisionamento da FC;
3. proposta de execução dos planos anuais de aprovisionamento da FC;
4. preparação dos processos de contratação do pessoal;
5. conservação e reparação de imóveis, equipamento e móveis afectos à FC;
6. inventariação do património afecto à FC;
7. verificação e adequação de condições materiais para o funcionamento da FC;
8. emissão de parecer sobre o funcionamento das repartições e secções; e
9. outras que forem estabelecidas por órgão competente.