Os Centros Internos são unidades orgânicas internas da FC vocacionadas à investigação, extensão, consultoria, prestação de serviços à comunidade, e apoio ao ensino.

A Faculdade de Ciências conta com três (3) Centros Internos em funcionamento:

• Estação de Biologia Marítima da Inhaca (EBMI) - Dr. José Dumbo
• Centro de Pesquisa em Energias - Professor Catedrático Boaventura Cuamba
• Centro de Treinamento em Radioterapia - (Brevemente)

O Centro de Pesquisa em Estatística irá iniciar com as suas actividades em breve.