A área de investigação e extensão é dirigida por um Director-Adjunto para a Investigação e Extensão. Cada departamento tem suas áreas específicas de investigação, que podem ser de investigação pura ou aplicada. Muitos trabalhos de investigação são multidisciplinares com a participação de colegas de outros departamentos e faculdades da UEM.

Actividades de investigação e extensão são também realizadas com a participação de outras instituições nacionais e estrangeiras.